Sementara HMS Beagle berhenti di pelabuhan St. Julian di Patagonia, Charles Darwin mengumpul beberapa serpihan tulang yang dia secara sementara dikenali sebagai kepunyaan "beberapa binatang besar, saya suka Mastodon." Tetapi apabila tulang kaki dan tulang belakang kembali ke England, kemudian kajian menunjukkan bahawa haiwan itu adalah makhluk yang berbeza sama sekali, yang menyerupai unta besar atau llama dengan leher panjang dan hidung yang mirip tapir. Anatomi Richard Owen menamakannya Macrauchenia patachonica .
Dalam perjalanannya, Darwin juga menemui Toxodon platensis, yang mempunyai badan badak berat, wajah kuda nil dan gigi tikus. Haiwan-haiwan yang pelik dari Pleistocene itu menarik, tetapi sehingga baru-baru ini, tiada siapa yang dapat mengetahui dengan tepat di mana untuk menempatkannya di dalam pokok keluarga mamalia, melaporkan Jo Marchant untuk Nature News . Mereka tidak bermaya - sebahagian besar kumpulan binatang berkuku yang mengandungi kuda, babi, rusa dan kuda nil. Tetapi adakah mereka lebih seperti gajah Afrika dan aardvark atau seperti armadillos Amerika Selatan dan sloth? Cara yang lebih baru untuk membina pokok keluarga haiwan menggunakan DNA tidak dapat membantu: tulang tidak mempunyai DNA yang cukup untuk menganalisis.
Tetapi, pasukan penyelidik menyedari, tulang-tulang itu mempunyai ikatan kolagen protein terstruktur, yang terdapat pada kulit, tendon dan menggabungkan tisu otot. Analisis terperinci mengenai kolagen yang dikikis dari tulang-tulang ungulates purba ini memberikan jawapannya. Marchant menulis:
Pasukan pertama membina pokok keluarga kolagen, yang meletakkan urutan kolagen mamalia berbeza berdasarkan hubungan familial mereka. Para penyelidik terpaksa mengeluarkan dan menjejaki kolagen dari tapirs, kuda nil dan aardvarks untuk membina gambar mereka. Dengan itu, mereka menjajarkan kolagen dari empat spesimen yang berlainan daripada dua muzium yang berbeza di Argentina - dua spesimen Toxodon sekitar 12, 000 tahun dan dua Macrauchenia yang tidak boleh bertarikh karbon - dan membandingkan protein kuno terhadap pokok mereka.
Kedua-dua haiwan besar tergolong dalam kumpulan yang sama seperti kuda, tapir dan badak, yang dipanggil Perissodactyla. Macrauchenia seperti llama dan Toxodon seperti rhino kini mempunyai rumah taksonomi. Para penyelidik menerbitkan penemuan mereka dalam Alam .
Kejayaan tim mungkin bukan satu-satunya yang didayakan oleh analisis protein kuno. Alat hari ini lebih baik dari sebelumnya untuk menarik bit protein dari sampel lama dan mengukurnya. Marchant menulis:
Protein juga berguna untuk mengkaji spesies yang sudah pupus yang hidup baru-baru ini dalam persekitaran yang lebih panas di mana kajian DNA sukar: apa yang [bioarcheologist Matthew Collins dari University of York, UK] menggambarkan sebagai haiwan "pelik dan indah" semasa Pleistocene akhir gajah kerdil dan tikus besar pulau Flores Indonesia ke kadal raksasa dan kanguru.
Untuk mengetahui keturunan haiwan baru-baru ini yang telah pupus, Collins mengatakan bahawa analisis protein purba "benar-benar boleh menggali bot."
